太湖流域防洪建设要贯彻“全面规划、统筹兼顾、标本兼治、综合治理”的方针。结合太湖流域的实际情况，2001～2010年防洪建设的总体思路是：蓄泄兼筹、完善提高，科学调度，综合考虑水资源利用、水环境保护、航运以及城市供排水等方面效益，建成流域工程与非工程措施相结合的综合防洪体系，为流域经济社会可持续发展创造条件。
　　（一）太湖流域的防洪分为流域防洪、城市防洪和区域防洪三个层次，其防洪标准按不同保护对象的重要程度分别确定。结合当前流域防洪形势，根据需要与可能，太湖流域2001～2010年防洪建设的目标是：
　　1．流域防洪
　　在《总体规划方案》确定目标的基础上，总结近年防御流域洪水的经验和出现的问题，补充必要的工程和非工程措施，巩固、完善流域防洪体系，到2010年能防御不同降雨典型的50年一遇洪水，重点工程建设应与防御流域100年一遇洪水的标准相衔接。
　　2．城市防洪
　　太湖流域特大型城市上海以及重要城市苏州、无锡、常州、杭州、嘉兴和湖州等防洪标准为：
　　上海市：黄浦江干流城区段及主要支流按1000年一遇高潮位设防；海堤城区段按200年一遇高潮位加12级风设防。
　　杭州市：钱塘江北岸海堤按100年一遇高潮位加12级风设防，老城区段堤防按500年一遇高潮位设防。
　　苏州、无锡、常州、嘉兴、湖州按100年一遇洪水位设防，其中苏州、无锡中心城区按200年一遇洪水位设防。
　　其他县级城市按50年一遇洪水位设防。
　　3．区域防洪
　　区域防洪标准由10～20年一遇提高到20～50年一遇，确保铁路及公路干线安全。
　　（二）为达到上述防洪建设目标，工程安排以治太骨干工程为基础，完善洪水北排长江、东出黄浦江、南排杭州湾和充分利用太湖调蓄的流域防洪工程布局。在2002年基本完成既定的治太骨干工程建设任务基础上，增建必要的工程项目，进一步完善流域防洪工程体系；建设流域防洪与水资源调度系统，建立集防洪减灾、水资源合理配置与保护为一体的工程与非工程体系。
　　要进一步加大城市防洪建设的力度，各主要城市的防洪能力要尽早达到相应的防洪建设目标。
　　要实施区域性河道整治，加快中小河流的清淤疏浚，扩大洪涝水外排能力；继续进行圩区治理，逐步提高区域防洪除涝标准。
　　要同步实施重点水库工程、海堤达标建设，退田（渔）还湖并进一步加强水土保持工作。
　　（三）太湖流域防洪建设应按统筹规划、远近结合、突出重点、分步实施、分级负责、共同负担的原则组织实施。防洪建设任务完成后，全流域能防御不同降雨典型的50年一遇洪水。如遇1999年洪水，采取加大太浦河、望虞河的泄洪流量，应急加大沿江、沿杭州湾工程排水能力，太湖适当超蓄，有效限制农业圩区排涝，环湖大堤临湖侧围湖区破口蓄洪等措施，能重点保护上海以及苏州、无锡、常州、杭州、嘉兴、湖州等大中城市中心城区及沪宁、沪杭等交通干线的防洪安全，最大限度减少洪灾损失。