为使南水北调东线输水工程不被污染，国家计委、水利部、国家环保总局、建设部及沿线四省一市地方政府共同编制的南水北调东线治污规划基本完成，规模宏大的南水北调东线治污工程即将启动。

　　南水北调工程规划有东、中、西三条调水线路，东线工程由江苏省扬州市三江营附近的长江干流引水，向天津、胶东半岛等北方地区供水。东线工程可以利用现有水利工程和天然河道，工程难度较小，但却面临沿途水质污染的难题。据调查，南水北调东线规划范围内全线每年废水排放量为30亿吨，其中21.71亿吨排入河道，目前，东线调水水源地长江三江营断面全年水质很好，基本上达到二类水标准，但山东、河南境内河湖水质多为四类、五类水，天津、河北境内沿线水质全部为超五类水。南水北调，首在治污。

　　水利部淮河流域水资源保护局副局长程绪水： 主要措施是：一个是对工业污染源进行关停，沿线的城镇要建一大批污水处理厂，同时，还要通过一些截污工程将排入输水线的污水截走，这样实现整个调水沿线的清水廊道工程，保证长江水能够比较好地送到北方。

　　为确保输水干线水质达到三类，东线治污工程2010年前总投资接近26亿元。结合黄河以北输水干线水质污染严重的现状，将建界污导流工程33项，保证清污分流，形成清水廊道，确保所有污染物不再进入输水河道。同时全线将建设城镇污水处理厂135座。多工业污染源结构进行调整，并停转工业企业38家，对150家企业实施污水回用，并对沿线综合生态建设进行全面整治。

　　水利部淮河流域水资源保护局副局长程绪水：沿线的江苏、山东、河南、河北、天津对“南水北调”工程都比较重视，尤其是山东省，在治污这一块力度很大。山东省政府已经发出通知，要求沿线的二万吨以下的造纸厂全部关停，保证调水水质满足要求。

　　到2005年，东线治污一期工程主体部分完工后。输水干线全线水质达到三类，输水过黄河后，经过500公里输水河道自净，达到天津的水质可以确保三类水，有望达到二类水。